Parafię w Gołonogu utworzył 8 lipca 1675 r. biskup krakowski Andrzej Trzebicki, który także wybudował z kamienia kościół, konsekrowany w 1678 r. Wieżę barokową zbudował w 1753 r. również biskup krakowski, Andrzej Załuski.

Kościół rozbudowano w XIX w. w ten sposób, że w 1850 r. zbudowano obecne prezbiterium, a w r. 1892 dobudowano nawy boczne i obie zakrystie.

Ponowna konsekracja rozbudowanego kościoła odbyła się 26 maja 1892 r. Urządzanie wnętrza trwało do 1894 r. Wykonano wtedy wszystkie ołtarze i ambonę.

W lewej bocznej nawie znajduje się ołtarz z cieszącą się czcią wiernych figurą św. Antoniego Padewskiego, którego kult znacznie się ożywił od połowy XVIII wieku.

9 sierpnia 1951 r. administrację parafii objęli franciszkanie. Ojcowie najpierw przeprowadzili gruntowną naprawę zniszczeń wojennych, a następnie w latach 1952-53 odnowili polichromię kościoła. W r. 1976 zakupiono w odlewni J. Felczyńskiego w Przemyślu trzy dzwony. W sierpniu 1980 r. zakonnicy rozpoczęli budowę nowego budynku mieszkalnego.