11 października 1991 r. do Taszkentu  przybył franciszkanin Krakowskiej Prowincji, o. Krzysztof Kukułka i podjął pracę duszpasterską, a właściwie misyjną. Przez kilka lat był on jedynym franciszkaninem i jedynym kapłanem katolickim w tym mieście i kraju. Mógł tu pracować ponieważ istniała już uznana przez państwo w r. 1990 parafia rzymsko-katolicka, która nie miała kapłana.

Misjonarz zamieszkał w budynku, którego drugą część stanowiła synagoga żydowska. W używanej przez siebie części urządził kaplicę i w niej odprawiał przez kilka lat nabożeństwa dla wiernych różnej narodowości. Jego pragnieniem od początku było odzyskanie murów, pozostałych z niedokończonego kościoła katolickiego, zwanego „kościołem polskim”, gdyż budowali go od 1911 r. Polacy – mieszkańcy Taszkentu. Wybudowano mury, ale nie było ani sklepień ani dachu, gdyż zabrakło środków na dalsze prace. Po rewolucji bolszewickiej władze komunistyczne parafię zlikwidowały, a budowla przechodziła różne koleje losu. Władze państwowe kilka razy podejmowały próbę jej dokończenia z przeznaczeniem na cele świeckie, m. in. na mieszkania czy salę organową. Za każdym razem na przeszkodzie stał brak środków na dalsze prace. Tak było przez siedemdziesiąt lat.

23 stycznia 1992 ks. bp Jan Paweł Lenga wydał dekret o ustanowieniu parafii. 29 października 1992 r. Ministerstwo Kultury i Sztuki Republiki Uzbeckiej podjęło decyzję o przekazaniu „kościoła polskiego” rzymsko-katolickiej parafii. Oficjalny dokument w tej sprawie ministerstwo wydało 18 grudnia 1992 r. Przed o. Krzysztofem stanęła teraz obok pracy duszpasterskiej jeszcze praca budowniczego.

20 stycznia 1993 r. udał się do Taszkentu, poprzez Kraków i Moskwę, misjonarz z USA, o. Ivan John Rohloff. Trochę później – 3 września 1993 r. – dojechał tam jeszcze jeden franciszkanin, o. Marek Wawrzyszko. Obecność w Taszkencie trzech franciszkanów upoważniała do kanonicznego erygowania klasztoru, co się stało 21 października 1993 r. Prace przy wykończeniu kościoła postępowały w miarę zdobycia na ten cel środków. Gdy zbudowano sklepienia i dach, w kościele zaczęto odprawiać Msze św. Pod kościołem wykańczano z jednej strony pomieszczenia duszpasterskie, a z drugiej mieszkania dla duszpasterzy.

29 września 1994 r. Stolica Apostolska ustanowiła w Uzbekistanie „Missio sui iuris”, a jej przełożonym został o. Krzysztof Kukułka. Odbudowany i w znacznej mierze wykończony kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa w Taszkencie został uroczyście poświęcony przez nuncjusza apostolskiego Mariana Olesia 22 października 2000 r w obecności krakowskiego prowincjała franciszkanów, o. Kazimierza Malinowskiego. W marcu 2005 r. Jan Paweł II ustanowił w Uzbekistanie administraturę apostolską, której przełożonym mianował franciszkanina o. Jerzego Maculewicza. 14 maja 2005 r. o. Jerzy przyjął w Rzymie sakrę biskupią.