Franciszek coraz więcej czasu spędzał na modlitwie. Kiedyś przechodził niedaleko rozpadającego się kościółka i postanowił do niego wejść. Wydarzyło się tam coś, co na zawsze odmieniło jego życie. Pan spojrzał na niego z krzyża i wezwał do działania. Jak tę historię opisuje pierwszy biograf św. Franciszka, Tomasz z Celano?
Doskonale już zmieniony na sercu, a wkrótce mający zmienić się i na ciele, pewnego dnia przechodził koło kościoła świętego Damiana, który był prawie że w ruinie, przez wszystkich opuszczony. Prowadzony przez ducha wstępuje, żeby się pomodlić.
Upada pokornie i pobożnie przed Ukrzyżowanym. Doznaje niezwykłych nawiedzeń łaski, tak że czuje się kimś innym, niż gdy wchodził. Rzecz od wieków niesłychana, bo oto obraz Chrystusa ustami wziętymi z malowidła przemawia doń, zupełnie osłupiałego, wołając go po imieniu: „Franciszku, idź, napraw mój dom, który, jak widzisz, cały idzie w ruinę”. Franciszek zdjęty strachem niemało się zdumiewa i na skutek tych słów prawie odchodzi od zmysłów. Jest gotów do posłuszeństwa, cały zbiera się do wykonania rozkazu. A że wówczas odczuł w sobie niewymowną przemianę, czego nawet on sam nie umiał wyrazić, przeto i nam trzeba tu zamilknąć. Odtąd jego świętą duszę przebiło współcierpienie z Ukrzyżowanym, i jak można zbożnie sądzić, wycisnęły się wówczas na jego sercu, choć jeszcze nie na ciele, stygmaty czcigodnej Męki.
Rzecz dziwna i niesłyszana w naszych czasach! Któż by się nad tym nie zdumiewał? Kto kiedy znał coś podobnego? Któż może wątpić, że Franciszkowi, kiedy już powracał do ojczyzny, ukazał się Ukrzyżowany, skoro już wtedy, kiedy był w świecie i jeszcze całkiem nim nie wzgardził, przemówił doń Chrystus z drzewa krzyża, w nowym i niesłychanym cudzie? Od tej godziny, w której przemówił doń Umiłowany, rozpłynęła się jego dusza. Niedługo potem miłość jego serca ujawnia się poprzez rany ciała. Od tego czasu nie mógł powstrzymać się od płaczu. Nawet głośno płakał nad męką Chrystusa, jakby zawsze miał ją przed oczyma. Wzdychaniami napełniał drogi, a wspominając rany Chrystusowe, nie dawał się pocieszyć. A gdy przyczynę bólu wyjawiał pewnemu zaufanemu przyjacielowi, zaraz doprowadził owego przyjaciela do gorzkich łez.
Oczywiście, nie zapomniał o roztaczaniu troski nad owym świętym wizerunkiem Ukrzyżowanego, ani nie zaniedbał jego rozkazania. Niezwłocznie dał pewnemu kapłanowi pieniądze, by zakupił lampę i oliwę, iżby święty wizerunek nawet na chwilę nie był pozbawiony światła. Potem rączo zabrał się do wykonania reszty, w szczególności przykładając się do naprawiania tego kościoła. Bo chociaż Boskie słowa powiedziane mu dotyczyły tego Kościoła, który Chrystus nabył swoją własną krwią, to jednak on nie od razu wzniósł się tak wysoko, lecz powoli przechodził od ciała do ducha.
Tomasz z Celano, Życiorys drugi św. Franciszka 10-11