Dziesięć lat po śmierci św. Franciszka, jego duchowi synowie dotarli do Wrocławia i założyli tutaj klasztor przy obecnym placu Biskupa Nankiera. Za fundatora klasztoru uważa się księcia Henryka Pobożnego.

Pierwotnie kościół był pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła. Podczas napadu tatarskiego w 1241 r. zarówno kościół jak i klasztor uległy zniszczeniu. Odbudowane zostały w 1256 r. dzięki wydatnej pomocy księżnej Anny, wdowy po Henryku Pobożnym. Przy tym kościele – jednym z największych we Wrocławiu – franciszkanie byli do roku 1529, kiedy to książę przekazał go norbertanom, posiadającym do tego czasu klasztor na wyspie Ołbin.

Norbertanie, obejmując kościół franciszkanów zmienili jego patrona na: „św. Wincenty” i przebywali w nim do kasaty w 1810 r. Po kasacie, w klasztorze mieścił się sąd. W czasie II wojny światowej kościół został bardzo zniszczony. Zarówno budynek klasztorny jak i zniszczony kościół pozostały w rękach władz państwowych.