Bracia z Zakonu św. Franciszka podejmowali pracę duszpasterską  w Krośnie od początku XIV wieku. Oficjalnie osiedlili się w Krośnie w roku 1378, decyzją biskupa przemyskiego Eryka, także franciszkanina. W 1397 roku królowa św. Jadwiga zatwierdziła nadanie konwentowi (klasztorowi) krośnieńskiemu ziemi, a potwierdził to przebywający w Krośnie w 1407 roku król Władysław Jagiełło.

Oba te dokumenty zachowały się i są umieszczone w księdze „Liber Beneficiorum”, przechowywanej w archiwum franciszkańskim w Krośnie. Po pożarze w Krośnie w 1399 roku, który zniszczył konwent i drewniany kościółek, franciszkanie zakupili od miasta czworoboczny obszar na skraju murów między dwiema basztami i wybudowali kościół w stylu gotyckim przy istniejącej już kaplicy Przemienienia Pańskiego (obecnie w tej kaplicy znajdują się relikwie św. Jana z Dukli), a obok drewniany klasztor.