Misja położona jest na peryferiach niedużego miasteczka. Miejsce to jest ściśle związane z kultem Bożego Miłosierdzia, którego pionierem w Paragwaju był o. Rufin Orecki, misjonarz franciszkański.

W Aregua polscy misjonarze rozpoczęli budowę Narodowego Centrum Duchowości Bożego Miłosierdzia. Projekt ten uzyskał aprobatę arcybiskupa Asunción Felipe Santiago Benitez i jego następcy.

2 lutego 2006. o. Kazimierz Malinowski, prowincjał krakowskiej prowincji franciszkanów, dokonał uroczystego poświęcenia fundamentów budowy tego dzieła. Kamień węgielny pod dzieło paragwajskiej misji, poświęcił Ojciec Święty Jan Paweł II na zakończenie papieskiej mszy św., 18 sierpnia 2002 r. na Błoniach w Krakowie

Oprócz klasztoru franciszkanów na terenie misji znajduje się także klasztor sióstr franciszkanek, kaplica dla ośrodka, dom dla wolontariuszy, dom z dużą stołówką i kuchnią, piekarnia, oddzielny budynek pralni, wieża ze zbiornikiem na wodę, ołtarz polowy, dzwonnica, plac zabaw, nieduży staw. W budowie znajduje się kościół Bożego Miłosierdzia.

Głównym zadaniem Centrum jest działalność charytatywno-edukacyjna skierowana do dzieci i młodzieży z najuboższych rodzin. Oprócz niej misjonarze spełniają również posługę duszpasterską.

Na terenie misji pracują także siostry franciszkanki z Czech oraz grupa wolontariuszy. W pracę włącza się także młodzież potrzebująca wsparcia i terapii. W sąsiedztwie misji znajduje się klasztor nowo powstałego Stowarzyszenia Pobożnych Kobiet, które chcą żyć według charyzmatu świętej Faustyny Kowalskiej i służyć rozwojowi kultu Bożego Miłosierdzia.

Na potrzeby utrzymania misji i jej działalności powstało Stowarzyszenie na rzecz dzieci i młodzieży oraz Fundacja prowadząca budowę kościoła Bożego Miłosierdzia. Na miejscu działa piekarnia sprzedająca swoje wypieki i gospodarstwo rolne z hodowlą zwierząt na potrzeby misji (m.in. krowy, konie, kozy, owce, kury).

Działalność świetlicy dla dzieci (dożywianie, zabawy, edukacja szkolna i w zakresie higieny) prowadzona jest w czterech punktach dojazdowych. Z niektórych z nich misjonarze wraz z wolontariuszami każdego dnia przywożą dzieci do ośrodka, a do innych, bardziej oddalonych dojeżdżają, aby tam przeprowadzić zajęcia.

Okolice misji to posiadłości gospodarcze, małe i większe domy jednorodzinne.. Piaszczysta droga gruntowa ma być wkrótce zamieniona na brukowaną. Prace wykona firma na koszt miasta, a kamień zapewniają okoliczni mieszkańcy. Poza granicami zabudowań na obszarze przyległym do lasu znajduje się osiedle (asentamientos) najuboższych ludzi mieszkających w lichych drewnianych jednoizbowych domkach, których konstrukcje (głównie dachy) są niszczone przez większe wichury. Brakuje tu bieżącej wody a na przestrzeni 9 m2 mieszka czasem nawet osiem osób.

W 2012 roku wybudowano w odległości 1 km od Centrum Bożego Miłosierdzia dom dla formacji nowicjuszy pochodzących z Boliwii, Paragwaju, Peru, a w przyszłości także z Argentyny, Chile, Urugwaju. W budynku zaczął działać nowicjat, choć jego pełne wyposażanie może potrwać kilka lat.