Franciszkańska obecność w stolicy Słowacji, Bratysławie, rozpoczęła się przed kilku laty, gdy arcybiskup trnawsko-bratysławski, Jan Sokol, przekazał krakowskiej prowincji mały kościółek św. Michała Archanioła. Kościółek ten jest ośrodkiem kilkunastutysięcznej parafii w zachodniej dzielnicy miasta, zwanej Karlova Ves. Od początku swej obecności franciszkanie odprawiają Mszę św. w tym kościółku, choć jest on odległy parę kilometrów od miejsca ich zamieszkania (wynajęty pawilon, w którym wcześniej było przedszkole).

18 maja 1995 r. powierzono Zakonowi parafię. Uroczyste objęcie parafii nastąpiło jednak dopiero 4 lutego 1996 r. Przed zakonnikami stanęło trudne zadanie budowy nowego kościoła i klasztoru. Budowa została rozpoczęta w czerwcu 2000 r. Nowy kościół pod wezwaniem św. Franciszka uroczyście konsekrował 9 marca 2003 arcybiskup Jan Sokol. W trakcie budowy kościoła rozpoczęto budowę nowego klasztoru, który poświęcił biskup pomocniczy Štefan Vrablec 9 listopada 2003. W klasztorze w Bratislave mieści się siedziba Kustodii.