W starym miasteczku Levoča istnieją do naszych czasów dwa kościoły i klasztory zbudowane niegdyś przez franciszkanów, zwanych tu minorytami. Pierwszy, gotycki z XIV w., stracili minoryci w czasach reformacji i już go nie odzyskali, chociaż przeszedł ponownie w ręce katolików. Biskup przekazał go jezuitom, którzy urządzili w nim gimnazjum dla chłopców i prowadzili je do czasu likwidacji zakonów w Czechosłowacji.

Minoryci, którzy pragnęli wrócić do Levočy, uzyskali pozwolenie na budowę nowego kościoła i klasztoru w innej części miasta. Wówczas, w r. 1671, zbudowali kościół i klasztor Ducha Świętego. Przy kościele tym pracowali do 13 kwietnia 1950 r. W czasach komunistycznych, jeszcze przez pewien czas, pracował tam jeden z minorytów, a poza tym kapłani diecezjalni, przeważnie z miejscowej parafii św. Jakuba.

Kościół wraz z jednym skrzydłem klasztoru minoryci odzyskali w 1991 r. Reszta klasztoru pozostawała w dzierżawie ośrodka dla niewidzących. W 1994 r. mocą wyroku sądowego zakonnicy odzyskali drugą część klasztoru bezpośrednio przylegającą do pięknego, jednonawowego, dużego kościoła barokowego. Odzyskaną część klasztoru zaczęto odnawiać i adaptować do potrzeb życia zakonnego. Przy klasztorze nie ma parafii.